Ravnateljstvo organizira i usklađuje proces rada u Zavodu, predlaže poslovnu politiku i mjere za njeno provođenje. U ovoj organizacijskoj jedinici obavljaju se poslovi ravnatelja, zamjenika ravnatelja, tajnika ravnatelja i stručni poslovi plana i analize.

Ravnatelj: Zlatko Pandžić, dipl. oecc.

Zamjenik ravnatelja: Nikola Kraljik,dr.med., specijalist javnog zdravstva