Služba za mikrobiologiju je organizacijska jedinica ZZJZ Osijek unutar koje se obavlja javno zdravstvena mikrobiološka djelatnost od interesa za područje cijele županije. Služba je organizirana u devet odjela koji su nadalje podijeljeni u laboratorije, a obavlja i djelatnost kliničke mikrobiologije za Klinički bolnički centar Osijek.
U službi se provodi:
Mikrobiološka obrada uzoraka pacijenata iz kojih se izoliraju i identificiraju patogeni uzročnici te se određuje njihova osjetljivost na antimikrobne lijekove.
Također provodi: