Organizira i usklađuje proces rada u Zavodu, predlaže poslovnu politiku i mjere za njeno provođenje.
U ovoj organizacijskoj jedinici obavljaju se poslovi: ravnatelja, zamjenika ravnatelja, pomoćnika ravnatelja, glavnog tehničara Zavoda, tajnice ravnatelja te poslovi zaštite na radu.
 Ravnateljica:  
 Dubravka Vuković, dr. med., spec. kliničke mikrobiologije
 Zamjenica ravnateljice:  
  doc.dr.sc.Arlen Antolović-Požgain, dr.med.,spec.kliničke mikrobiologije
 Pomoćnik ravnateljice za kvalitetu:  
  Hrvoje Sučić, mag.med.lab.diagn.
 Pomoćnica ravnateljice za financijsko poslovanje:  
  Davorka Šalavarda, mag.oec.
Upravno vijeće upravlja Zavodom. Upravno vijeće Zavoda ima sedam članova i čine ga predstavnici: Osnivača (predsjednik i tri člana), Republike Hrvatske (1 član) i radnika Zavoda (dva člana).
 Marija Vrkić, dipl.iur. – predsjednica
  Miroslav Kosanović, mag. oec. – zamjenik predsjednice
  Martina Bogut Barić, mag.oec. - član
  dr.sc. Antonija Huljev – član
 Tomislav Kurevija, dr.med. - član
  Magdalena Perić, mag. med. lab. diagn. – član
  Hrvoje Bekina, mag.biol.exp. - član
Uvid u zaključke sjednica Upravnog vijeća i službene dokumente usvojene na tim sjednicama moguće je dobiti upitom službeniku za informiranje Nastavnog zavoda za javno zdravstvo OBŽ